Obszary Natura 2000 tworzą Europejską Sieć Ekologiczną wyznaczoną w ramach Dyrektywy Ptasiej oraz Dyrektywy Siedliskowej w celu ochrony cennych i zagrożonych w skali Europy siedlisk przyrodniczych oraz gatunków zwierząt i roślin. W zasięgu Nadleśnictwa Czaplinek występują trzy takie obszary: jeden ptasi (OSO) oraz dwa siedliskowe (SOO).

• OSO „Ostoja Drawska” (PLB320019): powierzchnia całkowita tego obszaru wynosi 153 906,15 ha, w zasięgu Nadleśnictwa to 36 480,00 ha, a w zarządzie Nadleśnictwa: 13 179,20 ha.
• SOO „Dorzecze Parsęty” (PLH320007): powierzchnia całkowita tego obszaru wynosi 27 710,43 ha, w zasięgu Nadleśnictwa to 3 145,00 ha, a w zarządzie Nadleśnictwa: 2 094,46 ha.
• SOO „Jeziora Czaplineckie” (PLH320039): powierzchnia całkowita tego obszaru wynosi 31 949,30 ha, w zasięgu Nadleśnictwa to 23 023,00 ha, a w zarządzie Nadleśnictwa: 10 826,59 ha.                     

„Ostoja Drawska” to kluczowa ostoja ptasia o wybitnych walorach krajobrazowych. „Ostoja Drawska” to kluczowa ostoja ptasia o wybitnych walorach krajobrazowych Występuje tu ponad 50 jezior (m.in. Drawsko), rzeki (Drawa, Dębnica) oraz mozaika lasów i terenów rolniczych stanowiąca obszar występowania 38 chronionych gatunków ptaków (m.in. bielik, orlik krzykliwy, puchacz, trzmielojad, kania ruda).

„Dorzecze Parsęty” obejmuje swoim zasięgiem dolinę rzeki Parsęty i jej dopływów. Charakteryzuje się występowaniem 26 typów siedlisk przyrodniczych z Załącznika I Dyrektywy Siedliskowej (m.in. torfowiska, kwaśne i żyzne buczyny, grądy, łęgi) oraz ostoi rzadkich ryb (minogi, łosoś) i ssaków (wydra).

„Jeziora Czaplineckie” to unikatowy obszar siedliskowy z 47 jeziorami, w tym jeziora lobeliowe i ramienicowe. Znajdziemy tu 20 typów siedlisk przyrodniczych oraz cenne gatunki zwierząt (mopnik, bóbr, wydra, kumak nizinny, skójka gruboskorupowa) i roślin.

Prowadzenie gospodarki leśnej na tych terenach podlega  ograniczeniom wynikającym z prawa unijnego (Dyrektywa Ptasia i Siedliskowa), zapisów planów zadań ochronnych (PZO) oraz dedykowanych wytycznych hodowlano-ochronnych.  Drzewostany na siedliskach przyrodniczych o znaczeniu priorytetowym (np. bory i lasy bagienne 91D0*, łęgi olszowe i jesionowe 91E0*), źródliskach, torfowiskach oraz w ostojach różnorodności biologicznej kwalifikuje się do gospodarstwa, w którym obowiązuje całkowite wyłączenie z użytkowania rębnego. Na siedliskach bagiennych (Bb, BMb, LMb) cięć rębnych również nie planuje się w ogóle. W cięciach rębnych na obszarach Natura 2000 planuje się pozyskanie nie więcej niż 95% miąższości drzewostanu – pozostałą część starodrzewu należy pozostawiać w formie kęp wraz z nienaruszonymi warstwami dolnymi. Bezpośrednio przy ciekach, zbiornikach wodnych i torfowiskach preferuje się rębnie złożone, a na słabszych siedliskach pozostawia się pasy ochronne drzewostanu. Obowiązuje również bezwzględny zakaz osuszania i zalesiania torfowisk, niszczenia naturalnych brzegów zbiorników wodnych oraz likwidacji śródleśnych oczek wodnych i mokradeł. Wszelkie prace melioracyjne muszą być ograniczone do niezbędnego minimum.

Gospodarka leśna musi zmierzać do zachowania właściwego stanu ochrony siedlisk (np. buczyn 9110, 9130, grądów 9160) oraz eliminacji gatunków obcych siedliskowo i inwazyjnych. Preferowane jest wykorzystanie odnowień naturalnych oraz pozostawianie drewna martwego w ekosystemie.

Aktualne dokumenty dotyczące wszystkich obszarów Natura 2000 występujących w Polsce znajdują się na stronie Centralnego Rejestru Form Ochrony Przyrody.