Nadleśnictwo Czaplinek z uwagi na uwarunkowania siedliskowe oraz dużą ilość otwartych przestrzeni w postaci pól i jezior, które przecinają kompleksy leśne, wymaga specjalnych form ochrony lasu.

Znaczna część lasów nadleśnictwa rośnie na terenach porolnych. Specyficzny charakter tego rodzaju powierzchni, przy uwzględnieniu stosunkowo ubogiego składu gatunkowego jaki charakteryzuje grunty porolne skutkuje w konsekwencji dużą podatnością na szkody wywołane zarówno przez czynniki biotyczne jak również abiotyczne. Monokulturowy krajobraz drzewostanów z początku ubiegłego wieku jest systematycznie wzbogacany poprzez stosowanie adekwatnych form użytkowania, które wzbogacają składy gatunkowe w gatunki liściaste i biocenotyczne.

Około 5% powierzchni leśnej nadleśnictwa została całkowicie wyłączone z użytkowania w ramach ostoi bioróżnorodności. Miejsca te z uwagi na swój niepowtarzalny charakter stanowią miejsca kumulacji martwego drewna będącego naturalnym rezerwuarem dla ksylobiontów i ksylofagów. Zaprzestanie działań gospodarczych umożliwia obserwację naturalnych procesów w wyłączonych kompleksach leśnych a nabyte doświadczenia będą niezwykle ważne w dalszym rozwoju proekologicznej gospodarki leśnej. W celu dalszego zwiększania różnorodności biologicznej każdego roku prowadzone są działania zmierzające do polepszenia warunków bytowania pożytecznej fauny. Zadania te realizowane są poprzez wywieszanie nowych budek lęgowych dla ptaków oraz czyszczenie już istniejących. W okresie jesienno zimowym prowadzone jest dokarmianie ptaków leśnych.

Co roku w ramach zabiegów profilaktycznych prowadzona jest kontrola liczebności szkodników owadzich. Działania te dostosowywane są do biologii poszczególnych gatunków owadów i prowadzone w taki sposób aby optymalnie prognozować ewentualne zagrożenia związane z nadmierną ich liczebnością.

Obecnie notowane wysokie stany zwierzyny w lasach, głownie jelenia i sarny, przyczyniają się do powstawania wielkoobszarowych szkód. Charakter szkód wyrządzanych przez jeleniowate przejawia się głównie przez zgryzanie pędów szczytowy co przekłada się na  zakłócenie naturalnego wzrost i rozwoju upraw. Efektem finalnym takich działań są deformacje pędu oraz utrata pożądanych parametrów technicznych, niezwykle istotnych na etapie sprzedaż i przerobu surowca drzewnego przez zakłady przemysłu drzewnego. Innym przejawem negatywnego oddziaływania jeleniowatych jest zjawisko spałowania. Spałowanie (ogryzienia kory) zakłóca lub wręcz uniemożliwia przewodzenie asymilatów co w konsekwencji skutkuje osłabieniem, spowolnieniem wzrostu lub zamieraniem drzew. W obecnych realiach gospodarki leśnej i łowieckiej pozostawienie bez opieki uprawy dębowej czy sosnowej zwłaszcza w sąsiedztwie obszarów polnych lub pastwisk skutkuje jej zniszczeniem w bardzo krótkim okresie czasu. Leśnicy przez dziesięciolecia wypracowali skuteczne formy ochrony lasu, dzięki którym wzrost upraw i młodników nie jest zakłócany, a produkty leśnictwa przedstawiają wysoką jakość. Jedną z najpowszechniej stosowanych metod jest grodzenie. Inne ze stosowanych metod w zakresie ochrony upraw i drzewostanów to zakładanie osłonek samozwijających oraz smarowanie upraw i młodników repelentami (emol, cervacol).

W 2012r. pojawił się problem ze szkodami w młodnikach bukowych powstałych głównie z odnowień naturalnych Zjawisko spałowania buka przez jelenie nabiera realnego znaczenia. Problem szkód może niebawem dotyczyć większej liczby nadleśnictw. Nie ma jednoznacznego „klucza wyboru" d-stanów zagrożonych (wiek, zwarcie, forma zmieszania, zabiegi pielęgnacyjne).Podjęte metody w postaci smarowania repelentami, czy „bandażowania" siatką PCV nie dają pewności co do uzyskania zamierzonego celu, jakim jest ich ograniczenie do poziomu znośnego gospodarczo. Uwzględniając możliwość wystąpienia szkód nadleśnictwo skorygowało wytyczne w zakresie realizacji zabiegów pielęgnacyjnych na obszarach zagrożonych. W ramach działań prewencyjnych nadleśnictwo prowadzi ścisłą współpracę z kołami łowieckimi, w celu właściwego gospodarowania populacją jelenia.